En photographie générale, la netteté est le critère de réussite technique. Il faut éviter flou de mise au point et flou de bougé.
En macro,  on retrouve ces difficultés mais amplifiées  par les caractéristiques des prises de vue.

I-la  profondeur de champ 
C'est la profondeur du sujet qui apparait nette sur l'image. Elle peut être très grande en photographie générale mais comme elle diminue alors que le grandissement augmente, elle est en général trop faible en macro.

visualisée si visée à ouverture réelle, sinon aide avec testeur

Il faut jouer avec et mettre bien les points principaux du sujet dans la zone de netteté.

II- la précision de la mise au point
La faible profondeur de champ impose une mise au point précise. Il existe 2 grands systèmes de visée: via un miroir reflex ou sur un écran en live view.
La visée reflex peut être améliorée sur certains appareils par un oculaire un peu plus grossissant ou par une loupe de visée.
Avec un mode loupe, les systèmes modernes permettent une visée plus précise.

Un 3e système pour les dispositifs sur stéréomicroscope ou sur macroscope est une visée parfocale avec les oculaires de l'appareil.
C'est le plus confortable pour la forte macro. MAis il faut un système parfaitement règlé.

III- la diffraction  et le compromis résolution/ profondeur de champ …
La diffraction est un phénomène...
Elle est d'autant plus importante que le diaphragme est petit.
Elle affecte d'autant plus en macro que le tirage fait baisser l'ouverture relative
...

IV- les vibrations
Elles sont amplifiées en macro au prorata du grandissement.
Il y a intèrèt donc a en limiter la possibilité en fixant l'appareil de prise de vue sur un support très lourd et stable.

Il faut aussi éviter les vibrations générées par le système de prise de vue lui mème.
une solution récente EFSC...
voir cette page de Ch.Krebs http://www.krebsmicro.com/Canon_EFSC/